CALIS由设在北京大学的CALIS管理中心负责运行管理。CALIS的骨干服务体系，由4大全国中心（文理中心—北京大学，工程中心—清华大学，农学中心—中国农业大学，医学中心—北京大学医学部）、7大地区中心（东北—吉林大学，华东北—南京大学，华东南—上海交通大学，华中—武汉大学，华南—中山大学，西南—四川大学，西北—西安交通大学）、除港澳台之外的31个省级（省、自治区、直辖市）中心和500多个服务馆组成。这些骨干馆的各类文献资源、人力资源和服务能力被整合起来支撑着面向全国所有高校的共享服务。

CALIS于2012年5月通过教育部对三期建设的验收，2013年1月通过国家发改委委托中国国际工程咨询公司对项目建设成果的评估。从2013年开始，CALIS在教育部高教司领导下开始进行管理架构、运行机制与发展模式的优化调整，从项目建设为主的发展阶段转向以持续运维服务和新一代图书馆服务平台研发为主的发展阶段。

在新的发展阶段，CALIS的目标是在已经建成的高等教育文献保障体系基础上，继续深化内涵，拓展边界，建设成为支撑高校图书馆更广泛日常业务运行与馆际协同协作的国家级、保障性公共基础设施。引领行业研究、推动行业实践、促进行业合作、带动行业发展。将我国高校图书馆凝聚成为发展共同体，主动、广泛、高效开展跨系统、跨产业、跨国界的对话和合作，共同迈向新时代、新未来。