南京大学图书馆历史源远流长，其发展可上溯至20世纪初建立的中央大学图书馆和金陵大学图书馆。中央大学图书馆肇始于清光绪二十八年（1902年）清政府创办三江师范学堂，三江师范学堂设藏书楼，荟萃中外书籍和各种图册。清光绪三十一年（1905 年），学校更名两江师范优级学堂，至1913年二次革命时，乱兵土匪乘机掠夺，校产荡然，书籍亦仅存十之一二。1915年成立南京高等师范学院，1920年更名为东南大学。1923年东南大学图书馆馆舍毁于火，图书同烬。

1924年，齐孟芳先生捐资建成新馆，曾命名为“孟芳图书馆”，1928年去齐氏名，仍随学校命名。1927年学校更名为第四中山大学，1928年复更名江苏大学，旋又改称中央大学，图书馆亦随学校易名。1924年后，中央大学图书馆的藏书逐渐丰富，至1937年5月，已有中外文书刊共计407203册，其中中文图书117846册。

金陵大学图书馆源自1888年起，美国教会在南京建立的汇文、基督和益智等书院，后经几次合并，于1910年成立金陵大学堂，1915年改名金陵大学校，不久改称金陵大学，并于1916年迁至鼓楼新址。

1910年，金陵大学堂图书馆在原各书院图书室的基础上建成，当时仅有西文书2250册。1929年建立了文、理、农三学院及中国文化研究所等教学科研机构，图书馆藏书也从数量到质量都有了较大的提高。1937年6月统计藏书量已达322369册，其中中文图书有106769册，与当时国立中央大学图书馆藏书基本上旗鼓相当。

南京大学现有仙林校区、鼓楼校区、浦口校区及苏州校区4个图书馆，馆舍总面积12.78万平方米，生均面积近3平方米，位于全国高校前列。此外还建有21个学院或研究中心图书馆。南京大学图书馆的历史上，著名图书馆学家刘国钧、李小缘、施廷镛和国学大师胡小石等诸先生，先后主持过馆务。

南京大学图书馆馆藏丰富，业已形成比较系统、完整的综合性的藏书体系。本馆收藏了 80 多个国家和地区 20 多个语种的期刊，尤以物理、生物、地学、数学、东方学为特色，1949年以前的中文社会科学书刊收藏颇丰。并建有全国高校的地科(地质、地理、气象、天文、环境科学)教材中心、文科文献中心，进一步增加了馆藏内容和特色。

鼓楼校区图书馆

截止2025年12月31日，全馆纸质馆藏总量6954868册，包含中文图书4872815册，外文图书993748册，中文期刊569525 册，外文期刊518780册，数据库累计总量195个。

南京大学图书馆是国内较早从事计算机应用的高校图书馆。1986年在国内成功研制条型码计算机中文图书流通管理系统并投入实用。1992年开发的中文采购、编目管理系统等正式投入实际使用，受到同行的广泛好评。1998年底，实现了图书馆管理的全面计算机化。

原浦口校区思源图书馆

南京大学图书馆一直致力于智慧图书馆的建设，2019年南京大学图书馆牵头参与研制的下一代图书馆管理系统NLSP上线。该系统是由南京大学图书馆指导开发的国内第一家新一代图书馆服务平台简称“NLSP1.0”平台，采用云计算、微服务架构、纸电数统一的管理、具备更为强大的整合与分析功能，以及开放融合的数据链接。2019年9月，从而推出了NLSP2.0平台，在人机交互、数据服务、专业规范等多个方向构建了全新的服务体系。2025年9月，推出“南雍闻道”，旨在依托大语言模型、多模态语义理解与动态学科AI知识库三大引擎，构建覆盖科研探索、教学创新与自主学习的全场景智慧服务生态。

仙林校区杜厦图书馆

南京大学图书馆积极助力中国乃至全球知识网络体系建设。南京大学图书馆是中国高等教育文献保障系统(CALIS)华东北地区管理中心和江苏省高等教育文献保障系统（JALIS）的管理中心，承担着为华东北地区（江苏、山东、安徽三省）的高等院校提供信息服务、协作、资源共享、管理的重任。还与国内外 700 余个单位保持经常的业务联系和书刊交换，为本校乃至全国的读者提供了广泛的优质服务。尤其是作为江苏省高校图书情报工作委员会委秘书处的所在馆，长期以来为促进江苏高校图书馆的协作与交流做出了积极的贡献。2026年开始，还承担教育部新一届高校图书馆情报工作委员会主任委员及秘书处工作。

苏州校区图书馆