南大古代地方志的收藏开始得很早，1923年，金大就与美国农业部有中国农业史研究的合作项目，到1929年金大建立文、理、农三院体制，当时任农学院农业图书研究部主任的农业史专家万国鼎先生，争取到美国农业部一等赞助经费，开始大力收集地方志。因农业图书研究部早期属于农学院和图书馆共同管理，所以这项工作也得到了当时图书馆馆长刘国钧先生的积极支持，随后中国文化研究所也加入了这项工作。他们四处派员到各地古旧书店去广泛收购，很快便形成了金大图书馆的特藏。

抗战爆发后，金大仓促内迁，大多数书籍无法运往四川，刘国钧馆长与金大中国文化研究所代所长李小缘先生协商，将馆藏地方志全部秘密运往徽州地区藏起来，后又将其中的善本由屯溪再转运到江西婺源地区。几名承担此重任的职员和工人饱受颠沛流离之苦，遍历九死一生之难，最终保全了这批宝贵的文化遗产。

抗战胜利后，地方志也先后运回南京。52年院系调整时，将金大图书馆和文化研究所的方志全部并入南京大学图书馆，此后，担任南大图书馆馆长的李小缘先生又努力搜求，并组织人力手抄，馆藏不断丰富。现在馆藏地方志约四千三百多种， 四万多册。